COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-03 17:00:00 4.084329 2.671186 2.951455
2020-10-02 17:00:00 3.483947 3.483947 2.953519
2020-10-01 17:00:00 3.756284 2.742028 2.943247
2020-09-30 17:00:00 2.968249 2.968249 2.923642
2020-09-29 17:00:00 3.073595 3.073595 2.913312
2020-09-28 17:00:00 4.618952 2.395767 2.881095
2020-09-27 17:00:00 3.286376 3.286376 2.868132

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-03 17:00:00 3.753351 3.753351 2.738131
2020-10-02 17:00:00 3.648548 3.648548 2.821799
2020-10-01 17:00:00 2.427184 2.427184 2.739324
2020-09-30 17:00:00 2.270484 2.270484 2.667562
2020-09-29 17:00:00 2.306425 2.306425 2.636931
2020-09-28 17:00:00 3.149606 0.371402 2.580725
2020-09-27 17:00:00 3.671875 3.671875 2.448947

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-03 17:00:00 3.428971 5.396476 2.808682
2020-10-02 17:00:00 1.714898 1.714898 2.672357
2020-10-01 17:00:00 3.514377 3.514377 2.535467
2020-09-30 17:00:00 3.624009 3.624009 2.473859
2020-09-29 17:00:00 0.637620 0.637620 2.405907
2020-09-28 17:00:00 3.763441 0.843373 2.283654
2020-09-27 17:00:00 9.055877 2.890173 2.208267

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-03 17:00:00 1.261830 1.261830 0.931370
2020-10-02 17:00:00 1.033295 1.033295 0.899591
2020-10-01 17:00:00 0.862069 0.862069 0.868007
2020-09-30 17:00:00 0.948867 0.948867 0.861551
2020-09-29 17:00:00 0.720981 0.538793 0.877364
2020-09-28 17:00:00 0.512821 0.271444 0.866785
2020-09-27 17:00:00 1.657754 1.657754 0.881915

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-03 17:00:00 7.108669 5.158660 5.732332
2020-10-02 17:00:00 6.371912 4.665150 5.577884
2020-10-01 17:00:00 5.217391 7.606046 5.468786
2020-09-30 17:00:00 5.783958 5.783958 5.432572
2020-09-29 17:00:00 6.058039 6.058039 5.282975
2020-09-28 17:00:00 11.451863 5.885874 5.179913
2020-09-27 17:00:00 5.633479 5.633479 4.988526

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-03 17:00:00 4.603087 2.756340 2.600553
2020-10-02 17:00:00 2.567738 2.450267 2.617060
2020-10-01 17:00:00 3.139287 3.139287 2.602945
2020-09-30 17:00:00 2.342301 2.342301 2.585050
2020-09-29 17:00:00 2.122074 2.122074 2.581674
2020-09-28 17:00:00 3.231939 3.840304 2.586183
2020-09-27 17:00:00 2.568906 2.568906 2.576597

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-03 17:00:00 3.747245 3.747245 3.355952
2020-10-02 17:00:00 3.567568 5.238095 3.263072
2020-10-01 17:00:00 3.251569 4.596774 3.155738
2020-09-30 17:00:00 2.295082 2.295082 3.007166
2020-09-29 17:00:00 2.836879 2.836879 2.893786
2020-09-28 17:00:00 0.583090 0.163934 2.815849
2020-09-27 17:00:00 2.554745 2.554745 2.767426

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-03 17:00:00 2.596757 3.391152 2.892056
2020-10-02 17:00:00 2.754591 2.285058 2.861577
2020-10-01 17:00:00 3.253530 3.253530 2.851843
2020-09-30 17:00:00 2.585252 2.585252 2.817881
2020-09-29 17:00:00 3.012380 3.012380 2.825209
2020-09-28 17:00:00 3.161996 3.161996 2.810613
2020-09-27 17:00:00 2.641950 2.641950 2.758348

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-03 17:00:00 7.366985 7.366985 7.325168
2020-10-02 17:00:00 7.349081 7.349081 7.252288
2020-10-01 17:00:00 6.479860 6.479860 7.214646
2020-09-30 17:00:00 3.105968 6.211937 7.109952
2020-09-29 17:00:00 6.742424 6.742424 7.073777
2020-09-28 17:00:00 10.834990 10.834990 7.077648
2020-09-27 17:00:00 5.044843 11.154709 7.068239

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-03 17:00:00 3.249008 3.249008 2.253870
2020-10-02 17:00:00 2.502037 2.502037 2.208795
2020-10-01 17:00:00 2.019447 2.659443 2.138860
2020-09-30 17:00:00 1.713555 1.713555 2.060287
2020-09-29 17:00:00 2.038562 2.038562 1.996213
2020-09-28 17:00:00 2.452597 0.983796 1.945413
2020-09-27 17:00:00 2.026837 2.026837 1.915792

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-03 17:00:00 4.466313 2.804746 2.696376
2020-10-02 17:00:00 3.550296 2.197802 2.762487
2020-10-01 17:00:00 2.676864 2.676864 2.738604
2020-09-30 17:00:00 2.918782 2.918782 2.796586
2020-09-29 17:00:00 3.026775 3.026775 2.810081
2020-09-28 17:00:00 2.304147 2.931229 2.797273
2020-09-27 17:00:00 2.605863 2.605863 2.828373

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-03 17:00:00 0.000000 0.000000 0.825402
2020-10-02 17:00:00 0.858369 0.858369 0.879540
2020-10-01 17:00:00 0.411523 0.411523 0.935939
2020-09-30 17:00:00 1.190476 1.190476 0.952967
2020-09-29 17:00:00 0.840336 0.246609 0.986347
2020-09-28 17:00:00 0.569801 1.092896 1.031722
2020-09-27 17:00:00 4.861111 4.861111 1.069013

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-03 17:00:00 3.418803 3.418803 3.048181
2020-10-02 17:00:00 2.755906 2.755906 2.959214
2020-10-01 17:00:00 3.152174 4.139900 2.933534
2020-09-30 17:00:00 2.432046 2.432046 3.035679
2020-09-29 17:00:00 1.646091 1.146953 3.017812
2020-09-28 17:00:00 6.188119 3.591954 3.045387
2020-09-27 17:00:00 3.216374 3.216374 3.056495

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-03 17:00:00 9.538462 9.538462 6.250184
2020-10-02 17:00:00 5.349794 5.349794 5.925224
2020-10-01 17:00:00 7.619048 7.619048 5.832053
2020-09-30 17:00:00 3.645320 3.645320 5.593613
2020-09-29 17:00:00 2.857143 2.857143 5.435544
2020-09-28 17:00:00 17.699115 17.699115 5.265016
2020-09-27 17:00:00 6.078148 6.078148 5.094605

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-03 17:00:00 7.730673 3.352729 3.724102
2020-10-02 17:00:00 7.889049 4.322767 3.755639
2020-10-01 17:00:00 8.661417 3.696858 3.715651
2020-09-30 17:00:00 4.693539 3.036996 3.709606
2020-09-29 17:00:00 3.706449 3.706449 3.783491
2020-09-28 17:00:00 5.216426 5.216426 3.732931
2020-09-27 17:00:00 4.336399 4.336399 3.651791

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-03 17:00:00 4.198185 4.198185 3.363842
2020-10-02 17:00:00 2.924452 2.924452 3.349270
2020-10-01 17:00:00 4.102195 4.102195 3.298587
2020-09-30 17:00:00 3.282493 3.282493 3.263757
2020-09-29 17:00:00 2.615279 2.615279 3.205237
2020-09-28 17:00:00 5.232558 3.403933 3.176579
2020-09-27 17:00:00 4.518430 2.893034 3.105207

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-03 17:00:00 3.627853 3.627853 3.407698
2020-10-02 17:00:00 3.724395 3.724395 3.405216
2020-10-01 17:00:00 5.342237 3.478019 3.399930
2020-09-30 17:00:00 2.330896 2.330896 3.355463
2020-09-29 17:00:00 5.473965 5.473965 3.321935
2020-09-28 17:00:00 3.151618 2.165009 3.394625
2020-09-27 17:00:00 6.888008 3.097126 3.486635

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-03 17:00:00 4.659498 4.659498 3.839184
2020-10-02 17:00:00 3.678403 3.678403 3.769388
2020-10-01 17:00:00 4.040404 4.040404 3.734618
2020-09-30 17:00:00 4.460771 4.460771 3.617079
2020-09-29 17:00:00 3.920154 3.920154 3.505655
2020-09-28 17:00:00 6.845638 2.676463 3.447963
2020-09-27 17:00:00 3.557181 3.557181 3.428036

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-03 17:00:00 3.409484 3.409484 2.348445
2020-10-02 17:00:00 3.817186 2.054091 2.351414
2020-10-01 17:00:00 2.766571 2.766571 2.371966
2020-09-30 17:00:00 2.445985 2.445985 2.344214
2020-09-29 17:00:00 1.861083 1.166059 2.328807
2020-09-28 17:00:00 2.972028 1.808896 2.333503
2020-09-27 17:00:00 1.972271 1.972271 2.354011

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-03 17:00:00 3.562341 3.562341 3.530426
2020-10-02 17:00:00 5.950096 5.950096 3.376202
2020-10-01 17:00:00 4.125561 4.125561 3.254816
2020-09-30 17:00:00 4.397706 4.397706 3.106504
2020-09-29 17:00:00 1.762452 2.138540 2.993105
2020-09-28 17:00:00 3.353659 1.031895 2.875753
2020-09-27 17:00:00 1.552106 1.986755 2.776060

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-03 17:00:00 0.000000 0.000000 4.104373
2020-10-02 17:00:00 9.734513 9.734513 4.062563
2020-10-01 17:00:00 0.714286 0.714286 3.949396
2020-09-30 17:00:00 4.109589 4.109589 3.922673
2020-09-29 17:00:00 8.791209 8.791209 3.764265
2020-09-28 17:00:00 1.612903 1.612903 3.678635
2020-09-27 17:00:00 0.000000 0.000000 3.577570

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-03 17:00:00 3.380282 3.380282 3.698840
2020-10-02 17:00:00 2.167991 3.910729 3.750369
2020-10-01 17:00:00 7.098421 3.086617 3.764356
2020-09-30 17:00:00 3.204466 3.204466 3.769686
2020-09-29 17:00:00 3.277154 3.277154 3.767587
2020-09-28 17:00:00 8.693587 8.693587 3.802922
2020-09-27 17:00:00 4.307776 4.307776 3.832417

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 3.753351 3.753351 2.738131
Basilicata 3.428971 5.396476 2.808682
Calabria 1.261830 1.261830 0.931370
Campania 7.108669 5.158660 5.732332
Emilia-Romagna 4.603087 2.756340 2.600553
Friuli Venezia Giulia 3.747245 3.747245 3.355952
Lazio 2.596757 3.391152 2.892056
Liguria 7.366985 7.366985 7.325168
Lombardia 3.249008 3.249008 2.253870
Marche 4.466313 2.804746 2.696376
Molise 0.000000 0.000000 0.825402
P.A. Bolzano 3.418803 3.418803 3.048181
P.A. Trento 9.538462 9.538462 6.250184
Piemonte 7.730673 3.352729 3.724102
Puglia 4.198185 4.198185 3.363842
Sardegna 3.627853 3.627853 3.407698
Sicilia 4.659498 4.659498 3.839184
Toscana 3.409484 3.409484 2.348445
Umbria 3.562341 3.562341 3.530426
Valle d'Aosta 0.000000 0.000000 4.104373
Veneto 3.380282 3.380282 3.698840
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Sat Oct 3 17:44:49 2020 revision 39, 61331dd